Meski menggunakan nama Nambo, stasiun ini tidak terletak di Desa Nambo. Stasiun Nambo merupakan stasiun kereta api kelas III atau termasuk stasiun kereta api kecil yang terletak di Banjarjati, Klapanunggal, Bogor. Stasiun ini merupakan stasiun paling timur di Kabupaten Bogor dan merupakan stasiun terminus bagi layanan KA Commuter Line rute Jatinegara-Bogor, cabang Nambo.
Stasiun baru yang diresmikan pada tahun 1997 yang jalurnya direncanakan untuk jalur lingkar luar Jabodetabek, mulai dari Cikarang hingga Parung Panjang. Namun, rencana ini terpaksa ditunda karena krisis ekonomi tahun 1997. Untuk mengisi kekosongan tersebut, PT KAI mengoperasikan KRD (Kereta Rel Diesel) Manggarai-Nambo di tahun 1999.
Sayangnya, KRD Nambo yang sudah usang ini hanya bertahan hingga Mei 2006, karena kerusakan mesin dan adanya kebocoran pendapatan PT KAI, akibat dari banyaknya penumpang tak bertiket. Di tengah riuhnya pembangunan jalur ganda dan revitalisasi KRL Jabodetabek, pada tahun 2012 dimulailah revitasli besar-besaran ada jalur Nambo. Mulai dari tiang penyangga kawat listrik hingga elektrifikasi disiapkan.
Tidak segera dilalui KRL, kereta api angkut semen justru yang lebih dulu beroperasi di jalur ini. Dalam perkembangannya, stasiun ini mengalami cukup banyak kontroversi. Hingga akhirnya, pada tanggal 1 April 2015,Commuter Line pertama di rute Nambo-Depok/Angke pun beroperasi setelah 9 tahun lamanya mengalami mati suri.